1.     معهد مصر للطيران

2.     معهد هندسة وتكنولوجيا الطيران

3.     معهد المراقبة الجوية والدراسات الأكاديمية

4.     معهد الحاسبات وتكنولوجيا معلومات الطيران والفضاء

حيث يتم التعليم بمعاهد الهيئة طبقا للمناهج الدراسية الموصى بها من قبل المنظمة الدولية للطيران المدنى والمعتمدة من هيئة الطيران المدنى بجمهورية مصر العربية.

وكذلك المناهج الدراسية الموصى بها من قبل كليتي الهندسة و العلوم بجامعة القاهرة و كلية الحاسبات و المعلومات بجامعة عين شمس وذلك بناء على صدور قرار المجلس الأعلى للجامعات رقم 338 لسنة 1994 والذى تم تجديده بالقرار رقم 30 لسنة 2001 والذى يقضى بمعادلة درجة البكالوريوس التى يمنحها معهد المراقبة الجوية والدراسات الأكاديمية بدرجة بكالوريوس العلوم الذى تمنحه الجامعات المصرية.وقد تم بمقتضاه تخريج ست دفعات حتى الآن تم تعيينهم ضباط مراقبة جوية بالشركة المصرية القابضة للطيران

،كما قامت الهيئة أيضا بتوقيع اتفاقية تعاون مع كلية الهندسة جامعة القاهرة حيث تقوم الكلية بالإشراف العلمى على كافة مراحل الدراسة بمعهد هندسة وتكنولوجيا الطيران حيث تم صدور قرار المجلس الأعلى للجامعات رقم 53 لسنة 2002 بمعادلة بكالوريوس الهندسة الممنوح من المعهد ببكالوريوس الهندسة الممنوح من الجامعات المصرية.

كذلك قد قامت الهيئة بتوقيع اتفاقية تعاون مع كلية الحاسبات و المعلومات بجامعة عين شمس بإنشاء معهد الحاسبات وتكنولوجيا معلومات الطيران والفضاء لمنح خريجى المعهد بكالوريوس

الحاسبات وتكنولوجيا معلومات الطيران والفضاء المعادل لدرجة البكالوريوس الذى تمنحه الجامعات المصرية.

قريبا:

وبناءا على توجيهات السيد رئيس الجمهورية ستتحول الهيئة إلى }أكاديمية جوية{ الأمر الذى يعكس أهمية دورها فى تنمية و تطوير تدريب الطيران فى مجالاته المختلفة